Viltotā Dmitrija nāve neapturēja nepatikšanas. Pilsoņu karš turpinājās, aptverot jaunas zemes, parādījās jauni viltvārži. Savā valdīšanas pirmajā mēnesī Vasilijam Šuiskijam vajadzēja apspiest vairākus Maskavas zemāko klašu izrādes mēģinājumus. Maskavā viņi baidījās, ka Polijas karalis Zigmunds sāks karu par viltus gāšanu un poļu piekaušanu. Tāpēc no vairākiem tūkstošiem poļu viesu un viltus Dmitrija algotņu, kuri izdzīvoja maija sacelšanos Maskavā, tika atbrīvoti tikai vienkāršie cilvēki, un cildenie cilvēki tika atstāti kā ķīlnieki, kuriem tika nodrošināta laba apkope un kuri tika sadalīti uzraudzībā dažādās pilsētās. Šuiskijs pārkāpa diplomātisko etiķeti un pat aizturēja Gonsevska Polijas vēstniecību Maskavā.
Tomēr šīs bailes bija veltīgas. Polijai pašai bija grūti. Poļi uzsāka karu ar Zviedriju un Livonijā no viņas iekaroja Pernovas pilsētu (Pērnavu). Turklāt Hetmana Sagaidačnija vadītie Zaporožjes kazaki veica vairākus veiksmīgus reidus un izlaupīja Kafu un Varnu. Tas sadusmoja osmaņus un viņi pieteica karu Sadraudzībai. Tiesa, Turcijas armijas galvenie spēki bija saistīti ar karu ar Persiju un palīgvienības tika nosūtītas pret Poliju, un poļi uzbrukumu atvairīja. Pašā Polijā daži magnāti, kas bija neapmierināti ar karaļa politiku, izraisīja furoru. Valsti pārņēma pilsoņu karš. Tāpēc poļiem nebija laika Maskavai.
Tādējādi Maskava ignorēja nopietnākus draudus - iekšējos. Galu galā problēmas, kas izraisīja nepatikšanas, netika atrisinātas. Un ārējiem draudiem bija svarīga, bet ne galvenā loma. Province bija sašutusi: Bojāra dome ievēlēja caru bez nepieciešamā visu zemju atbalsta. Izrādījās, ka bojāri nogalināja "labo caru" un sagrāba varu, nododot troni "boāru caram". Province virmoja: bēgļu meklēšanas termins tika pagarināts līdz 15 gadiem; karavīri atcerējās viltus Dmitrija dāsnās balvas; dienvidu iedzīvotāji baidījās no represijām un terora (kā Godunova laikā) par palīdzību viltniekam; uztraucas par kazakiem, kuri aktīvi atbalstīja melus; Šuiskijs atbrīvojās no viltus Dmitrija atbalstītājiem, nosūtot viņus prom no galvaspilsētas, daudzi tika nosūtīti uz dienvidu pierobežu.
1606. gada vasarā spontāni sacelšanās pārņēma visus valsts dienvidus, ko satrauca baumas par "labā cara Dmitrija glābšanu". Cīņas pret jauno karali centrs Ziemeļzemē bija pirmā viltnieka - Putivla - galvaspilsēta. Šeit nemiernieku pilsētnieki, zemnieki, par "lielisko komandieri" izvēlējās Ivanu Bolotņikovu, kurš bija ieradies pie viņiem ar atdalīšanos. Ivans Bolotņikovs, pēc visizplatītākās versijas, bija kņaza Teļatevska vergs. Jaunībā viņš bēga no sava saimnieka uz stepi uz kazakiem, šeit viņu sagūstīja tatāri un pārdeva verdzībā turkiem. Vairākus gadus viņš pavadīja verdzībā, kambīzēs kā airētājs. Pēc neveiksmīgas jūras kaujas ar kristiešu kuģiem par turkiem viņš tika atbrīvots un devās uz Venēciju, kur dzīvoja Vācijas tirdzniecības kompleksā. No šejienes, dzirdējis stāstus par nepatikšanām Krievijas valstī, Bolotņikovs pārcēlās caur Vāciju un Poliju uz Krieviju. Baumas par Maskavas cara Dmitrija "brīnumaino pestīšanu" ievilka Ivanu Samborā, kur Maskavas bēguļojošais Mihails Molčanovs, bijušais viltus Dmitrija I. Molčanova sabiedrotais, slēpās kopā ar sievu Juriju Mnišeku Jadvigu un prezentēja sevi kā karali. Šis piedzīvojumu meklētājs Bolotņikovam iepazīstināja ar caru, kurš bija aizbēdzis pēc maija apvērsuma Maskavā. Jaunais viltnieks ilgi runāja ar Bolotņikovu, pēc tam piegādāja viņam vēstuli kņazam Grigorijam Šahovskim un nosūtīja viņu uz Putivlu kā savu personīgo sūtni un “lielo vojevodu”.
Patiesībā pilsoņu karš ir nonācis aktīvā fāzē. Bolotņikova armijā bija galvenie Krievijas valsts īpašumi un sociālās grupas: zemnieki un vergi, Severska, Tereks, Volga un Zaporožje kazaki, muižniecības pārstāvji. Turklāt sacelšanos atbalstīja aristokrātijas pārstāvji, viņu vidū princis Grigorijs Šahovskis un Čerņigovas vojevoda Andrejs Teļatevskis, bijušais Bolotņikova īpašnieks.
1606. gada vasarā 30 tūkst. Bolotņikova armija pārcēlās uz Maskavu. Tika sagūstīti Kromija un Jeleta cietokšņi, kuru bagātīgais arsenāls papildināja nemiernieku rezerves. Valdības karaspēks kņazu Vorotinska un Trubetskoja gubernatoru vadībā tika uzvarēts Kromī un Jeletā. Daudzi karavīru karavīri devās uz nemiernieku pusi. Izmantojot cara gubernatoru kļūdas, nemiernieki strauji devās Maskavas virzienā. Arvien vairāk dumpīgo zemnieku atdalījās Bolotņikova armijā. Turklāt ceļā uz Maskavu Bolotņikovam pievienojās lieli dienesta muižnieku pulciņi, kuri iebilda pret boāra caru Šuiskiju. Rjazaņas vecākais gubernators Prokopijs Ljapunovs un jaunākais - Grigorijs Sumbulovs vadīja Rjazaņas miliciju, stingro simtnieku Istomu Paškovu - lielu dienesta cilvēku vienību. Tula, Kashira, Kaluga, Mozhaisk, Vyazma, Vladimirs un Astrahaņa sacēlās. Volgā mordovieši un mari (Čeremis) sacēlās, viņi aplenca Ņižņijnovgorodu.
Nemiernieki ceļā uz Maskavu tuvojās Kolomnai. 1606. gada oktobrī Posadu Kolomnu uzņēma uzbrukums, bet Kremlis turpināja pretoties. Atstājot nelielu daļu savu spēku Kolomnā, Bolotņikovs devās pa Kolomnas ceļu uz Maskavu. Kolomenskas apgabala Troitskoje ciemā viņam izdevās uzvarēt valdības karaspēku. 22. oktobrī Bolotņikova armija bija izvietota Kolomenskoje ciematā netālu no Maskavas. Šeit viņš uzcēla cietumu (cietoksni) un sāka sūtīt vēstules uz Maskavu un dažādām pilsētām, aicinot atbalstīt likumīgo suverēnu Dmitriju Ivanoviču un uzbudināt nelabvēlīgos un nabadzīgos pret bagātajiem. “Jūs visi, bojaru vergi, sitiet savus bojarus, paņemiet viņu sievas un visu viņu īpašumu, īpašumus un īpašumus! Jūs būsiet cēli cilvēki, un jūs, kurus sauca par spiegiem un bezvārdiem, nogaliniet viesus un tirgotājus, sadaliet viņu vēderus savā starpā! Jūs bijāt pēdējais - tagad jūs saņemsiet bojārus, viltību, vojevodisti! Noskūpstiet visu krustu likumīgajam suverēnam Dmitrijam Ivanovičam! Tāpēc Bolotņikova karaspēka ceļu pavadīja briesmīgi pogromi, cilvēki ar šausmām atbildēja uz teroru, cīnījās tā, it kā apkārt būtu svešinieki (līdzīgā veidā rīkojās sacelšanās pārņemtajās teritorijās cara karaspēks).
Bolotņikova milicija turpināja augt, no tās izcēlās atsevišķas vienības, galvenokārt no vergiem, kuri ar saviem reidiem un laupīšanām turēja galvaspilsētu aplenkuma stāvoklī. Novembrī Bolotņikovam pievienojās Ileikas Murometas kazaki. Viņš bija vēl viens viltnieks, uzdodoties par carieti Pēteri Fjodoroviču, kurš patiesībā nekad neeksistēja cara Fjodora I Ivanoviča dēlam. Maskavieši jau bija gatavi paklausīt Bolotņikovam, lūdzot tikai parādīt viņiem carieti Dmitriju, un pat uzsāka sarunas ar viņu. Iepriecinātais Bolotņikovs nosūtīja vēstnešus uz Putivlu. Piemēram, lai "cars" nāk ātrāk, uzvara ir tuvu. Bet Dmitrijs nekad neparādījās. Daudzi sāka izteikt šaubas par Dmitrija eksistenci un devās uz Šuiski pusi.
Tikmēr Šuiskijs nesēdēja mierīgi un aktīvi gatavojās pretuzbrukumam. Maskavas priekšpilsētas un apmetnes tika stiprinātas. Gubernatoru Skopina-Šuiskija, Golicina un Tateva karaspēks apmetās pie Serpuhovas vārtiem, no kurienes vēroja ienaidnieka nometni. Tika izveidota saziņa starp Maskavu un apkārtējām pilsētām, karaspēks apsargāja ceļus. Novembrī no Tveras un Smoļenskas ieradās papildspēki, kurus lielākoties veidoja muižnieki un pilsētnieki. Tajā pašā laikā Šuiskijs aktīvi kaulējās ar dumpīgās nometnes cēlu daļu. Ljapunovs un Paškovs ienīda Šuiskiju, taču baidījās no "trakošanas" sacelšanās.
Bolotņikova armija pieauga līdz 100 tūkstošiem cilvēku (viņa karaspēks darbojās plašā teritorijā), bet viņa kaujas īpašības krita. Nemiernieku vidū bija daudz vergu, klaidoņu, zemnieku, kuriem nebija kaujas pieredzes, bija vāji bruņoti un organizēti. Kazaki un muižnieki - divi armijas kaujas kodoli, viņi tika nicināti. Tomēr viņi arī pretojās viens otram. Tā rezultātā Bolotņikova armijā notika šķelšanās: vienu nometni veidoja muižnieki un bojāru bērni, otru - vergi, kazaki un citi cilvēki. Pēdējā vadītāji bija Ivans Bolotņikovs, pirmā - Istoma Paškovs un brāļi Ljapunovi. Starp līderiem radās nesaskaņas, kā rezultātā vispirms Ljapunovi un pēc tam Istoma Paškova pārgāja uz Šuiskija pusi. Šuiskis tikmēr pamatīgi nocietināja Maskavu, izveidoja jaunu armiju no citu pilsētu kaujiniekiem. Turklāt Šuiskijs izvilināja daudzus muižniekus no Bolotņikova nometnes, solot viņiem atlīdzību un pakāpes.
Redzot, ka situācija pasliktinās un Šuiskija spēki pieaug, Bolotņikovs nolēma uzbrukt. 26. novembrī viņš mēģināja ieņemt Simonova klosteri, taču cara karaspēks viņu uzvarēja jauna un talantīga komandiera, cara Mihaila Skopina-Šuiskija brāļadēla vadībā. Kaujas izšķirošajā brīdī nemiernieku nometni pameta liela Paškovas dižciltīgā vienība, kas izšķīra kaujas iznākumu par labu cara armijai. Bolotņikova karaspēks bija iesakņojies Kolomnas nometnē. Skopins-Šuiskijs aplenca bolotņikoviešus un sāka apšaudīt. Cars Vasilijs mēģināja vienoties ar Bolotņikovu pats, solīja augstu rangu, bet nemiernieku līderis atteicās iet pie miera. Pēc trīs dienu artilērijas uguns Bolotņikova raibā armija neizturēja un bēga. Daļa kazaku pieķērās Zaborijas ciemam, kur 2. decembrī nemiernieki atkal tika uzvarēti. Atamana Bezzubceva kazaki pārgāja uz Skopina-Šuiskija pusi. Cars Vasilijs viņiem piedeva. Pārējie kaujās vai lidojuma laikā paņemtie ieslodzītie tika pakārti vai apdullināti ar nūjām, noslīka. Bolotņikovs aizbēga uz Serpuhovu, un tad Kaluga, Ileika Muromets devās uz Tulu.
Tādējādi nemiernieki nekad nespēja uzņemt galvaspilsētu. Izšķirošajā kaujā bolotņikoviešus uzvarēja cariskās vojevodas, ko veicināja cēlu vienību nodevība, kas pārgāja cara Vasilija Šuiskija pusē.
Kalugā Bolotņikovs pulcēja aptuveni 10 tūkstošus cilvēku. To ielenca cara karaspēks. Tomēr galvenais komandieris bija cara Ivana Šuiskija talantīgais brālis. Tā rezultātā Kalugas aplenkums ievilkās no 1606. gada decembra līdz 1607. gada maijam. Nemiernieki prasmīgi un izmisīgi aizstāvējās, atvairīja uzbrukumus, veica pārdrošus pasākumus, nodarot lielus zaudējumus cara karaspēkam. Cara gubernatori nolēma nodedzināt koka cietoksni un, mobilizējuši apkārtējos zemniekus, sāka piegādāt malku, ar kuru viņi izklāja sienas. Tomēr nemiernieki uzminēja šo plānu un uzspridzināja "slaucīšanu", nogalinot un kropļojot lielu skaitu cara karotāju. Šajā laikā citi nemiernieki mēģināja atbloķēt Kalugu, taču tika uzvarēti. Tātad, Mezetsky atdalīšanās, ko Šahovskis nosūtīja no Putivlas, lai glābtu Bolotņikovu, tika uzvarēta ar upes Ivana Romanova armiju. Vyrke.
Vēlāk Teļatevska un Pseidopētera karaspēks mēģināja izlauzties līdz Bolotņikovam. 1607. gada 1. maijā Dona un Ukrainas kazaki pie Pchelna upes sakāva cara karaspēku. Izmantojot aplenkuma armijas neskaidrības, Bolotņikovs veica izlidošanu un uzvarēja cara gubernatorus, kuri atkāpās, pametot artilēriju un bagāžas vilcienu. Daļa cara karaspēka pārgāja nemiernieku pusē. Tikai Skopina-Šuiskija pulks atkāpās pilnīgā kārtībā. Pēc tam Bolotņikovs pārcēlās uz Tulu, kur atradās jaudīgāks mūra cietoksnis, un apvienojās ar citiem nemiernieku vienībām.
Tad Bolotņikovs sāka 2. kampaņu pret Maskavu. Tomēr cars Vasilijs nesēdēja dīkā. Tika izsludināta "cieņas" cilvēku mobilizācija ("cieņa" - karotāji, kurus iesauca no pilsētniekiem un zemnieku kopienām) visā valstī, un viņi personīgi vadīja lielu armiju, kas tika veidota Serpuhovā. Sacelšanās centri pamazām sagrāva. Nemiernieki tika padzīti no Ņižņijnovgorodas. A. Golicins pieveica Teļatevski netālu no Kaširas. Nepazīstamā Pētera parādīšanās gaidītā “labā cara” Dmitrija vietā, kurš atraisīja šausmas pret pretiniekiem, daudzus atvēsināja, dumpīgās pilsētas nomierinājās, atnesa atzīšanos. Maijā cara armija virzījās uz nemierniekiem. Akcijā piedalījās arī pats cars, un individuālos pulkus komandēja Mihails Skopins-Šuiskis, Pjotrs Urusovs, Ivans Šuiskis, Mihails Tureniņš, Andrejs Golicins, Prokopijs Ljapaunovs un Fjodors Bulgakovs.
Bolotņikovieši mēģināja apiet cara armijas galvenos spēkus un doties uz Maskavu, bet, apejot Kaširu, nemiernieki pie Vosmas upes sastapa cara armijas flangu. 1607. gada 5.-5. jūnijā notika kauja. Bolotņikoviešiem bija priekšrocība spēkos - 30-38 tūkstoši karavīru. Tomēr Tula gubernators nodeva Bolotņikovu un ar 4 tūkst. atdalīšanās pārgāja cara karaspēka pusē. Un Ljapunova Rjazaņas vienības iegāja Bolotņikova armijas aizmugurē. Tas izraisīja paniku bolotņikoviešu vidū un viņi atkāpās. Daļa Bolotņikova karaspēka tika pārtraukta un sagūstīta, ieslodzītajiem tika izpildīts nāvessods. Pēc Vosemskas kaujas Bolotņikova armija tika padzīta atpakaļ uz Tulu.
Cars Vasilijs Šuiskijs Bolotņikovam nosūtīja vairākus pulkus Mihaila Skopina-Šuiskija vadībā. Tula pievārtē Bolotņikovs nolēma cīnīties pie Voronjas upes, nemiernieki slēdzās ar serifiem un ilgu laiku atvairīja cara kavalērijas uzbrukumu. Abas puses cieta smagus zaudējumus. Tomēr strēlnieki veica apļveida manevru, bolotņikovieši svārstījās un skrēja, daudzi tika nogalināti vajāšanas laikā. Bolotņikovs šajās cīņās zaudēja pusi karaspēka - aptuveni 20 tūkstošus cilvēku. Ar pārējo viņš ieslēdzās Tulā. Tādējādi Bolotņikovs cieta izšķirošu sakāvi un zaudēja stratēģisko iniciatīvu.
30. jūnijā pats cars Vasilijs ar galveno armiju tuvojās Tulai. Laikabiedri ziņoja, ka cara armijā bija 100–150 tūkstoši cilvēku. Bolotņikovam un "Tsarevičam Pēterim" palikuši ne vairāk kā 20 tūkstoši cilvēku. Aplenkuma ieroči sāka apšaudīt pilsētu no abām bankām. Tomēr Tulai bija spēcīgi nocietinājumi, un Bolotņikovam palika visefektīvākais nemiernieku kodols. Tāpēc aplenktais izturēja līdz 1607. gada oktobrim. Aplenkuma sākumposmā pilsētas aizstāvji veica darījumus un drosmīgi aizstāvējās. Visi cara gubernatoru mēģinājumi vētru pārņemt pilsētu izrādījās neveiksmīgi.
Tad cara karaspēks, pamatojoties uz ideju par bojāra Ivana Krovkova dēlu Muromu, nolēma aizsprostot Upu upi zem pilsētas ar aizsprostu, lai Tula tiktu appludināta. Labajā, purvainajā krastā tika uzcelts apmēram pusjūdzes liels dambis, kam vajadzēja novērst upes pārplūšanu zemienē rudens plūdu laikā, bet izraisīt strauju ūdens līmeņa celšanos. Patiešām, rudens plūdi pilnībā norobežoja pilsētu no ārpasaules, pārvēršot to purvainā salā pilnīgi applūduša līdzenuma vidū. Bojāta daudz munīcijas, kā arī pagrabos glabātie graudu un sāls krājumi. Drīz Tulā sākās briesmīgs bads un epidēmija, kas saasināja nemiernieku iekšējās pretrunas. Nemiernieki mēģināja uzspridzināt aizsprostu, taču tas pats Kravkovs brīdināja Šuiskiju, un mēģinājums neizdevās.
Bolotņikovs aplenkuma laikā vairāk nekā vienu reizi sūtīja vēstnešus pie Mihaila Molčanova un Grigorija Šahovska, taču nesekmīgi. Un cars Vasilijs saskārās ar jauniem draudiem. Parādījās jauns viltnieks - viltus Dmitrijs II, kurš jau bija paspējis sagrābt Seversčinas, Brjanskas un Verhovskas zemi. Bolotņikovam tika piedāvātas sarunas par pilsētas nodošanas nosacījumiem. Šuiskijs apsolīja saglabāt brīvību sacelšanās vadītājiem un dalībniekiem. Panāktā vienošanās tika noslēgta ar svinīgu zvērestu, un 1607. gada 10. oktobrī Tula atvēra savus vārtus cara armijai.
Cars Vasilijs maldināja sacelšanās vadītājus. Šuiskijs pasteidzās paziņot, ka piedošana attiecas tikai uz parastajiem "Tūlas ieslodzītajiem", nevis uz sacelšanās vadītājiem. Tulyaks patiešām tika apžēlots, dumpīgie muižnieki izkāpa ar trimdiniekiem. Šahovskis tika atzīts par mūku. "Tsarevičs Pēteris" tika pakārts. Bolotņikovs tika nosūtīts uz Kargopoli un slepeni noslīka. Daudzi parastie nemiernieki tika nosūtīti uz pilsētām, un tie, kas nokļuva Maskavā, bez trokšņa un putekļiem, tika žņaugti.
Tādējādi Maskavas valdība pārtrauca zemnieku karu, mobilizējot praktiski visas rezerves un ar teroru reaģējot uz teroru. Tomēr Šuiskijs, izformējis lielāko armijas daļu un domājis, ka satricinājums tuvojas beigām, veica nepareizus aprēķinus. Viss tikai sākās. Parādījās otrais viltus Dmitrijs, kuram pievienojās bolotņikoviešu paliekas. Polija atkal kļuva aktīva.
